Powołany w 1990 roku jako część programu PHARE, przeznaczona dla sektora szkolnictwa wyższego, kończy przyjmowanie polskich projektów do finansowania w związku z wejściem Polski w fazę przed przystąpieniem do Unii Europejskiej.
W kolejnej fazie Programu TEMPUS III - obecność polskich uczelni będzie możliwa w roli ekspertów na zasadzie własnego finansowania udziału.
W programie TEMPUS Uczelnia nasza uczestniczyła poprzez realizację:
- "Wspólnych Projektów Europejskich",
- "Projektów Działań Uzupełniających",
- wyjazdów nauczycieli akademickich oraz pracowników administracji w ramach stypendiów indywidualnych,
- wymianę studentów z europejskimi uczelniami partnerskimi.
Spośród "Wspólnych Projektów Europejskich" realizowanych przez ATR można wymienić następujące:
- zakończony w 1998 roku w Instytucie Matematyki i Fizyki 3-letni projekt pt. "Modernizacja i rozwój programów nauczania w zakresie technologii pomiaru wielkości fizycznych". Na realizację działań objętych projektem Uczelnia otrzymała około 548 700 ECU (przy średnim finansowaniu tego typu projektów 250 000 ECU). Projekt znalazł się wśród 21 wyróżnionych pod względem osiągnięć akademickich oraz wzorowej realizacji zaplanowanych działań. - patrz Biuletyn ATR 1/99 str26-28.
- zakończony w 1999 roku na Wydziale Rolniczym projekt pt. "Modernizacja kierunków nauczania ekonomika rolnictwa oraz biotechnologia stosowana". Na 3-letni okres realizacji Uczelnia otrzymała 331 370 ECU.
- zrealizowany w latach 1999-2001 projekt pt. "Modernizacja zarządzania uczelnią oraz rozwój struktur obsługujących współpracę z zagranicą"  umożliwił opracowanie i częściowe wdrożenie zintegrowanego, komputerowego systemu zarządzania oraz modernizację struktur administracyjnych, szkolenie personelu a także opracowanie planu dalszego rozwoju prowadzącego do wprowadzenia systemu TQM. Grant przyznany na realizację tego projektu wynosi 236 605 EURO. Partnerami europejskimi w projekcie były uczelnie z Francji, Szwecji i Wielkiej Brytanii.